تتميز المدرسة الزيتونية بتبحرها في العلوم الشرعية و العقلية وفي علوم اللغة العربية كالنحو و البلاغة. ولقد إعتمدت جامعاتنا الإسلامية في علم الإعتقاد منهجية إستدلال الشيخين أبو الحسن الأشعري و أبو منصور الماتوريدي والتي تعتمد أساسا على تأصيل المسائل العقدية و الإستدلال بها على المخالفين من خلال القرآن الكريم و السنة النبوية المطهرة وإجماع عقلاء الأمة مع الإستئناس بالأدلة العقلية و علمي المنطق و الكلام.
